そんなことせんでも最初から cygpath.exe があるじゃなイカ!

Zinnia さんのコメントにより cygwin 環境にはパスの変換を行う cygpath.exe なるコマンドがあることを知りました。そりゃそうか…ということでこちらを使った版も掲載しておきます。

#!/bin/sh
SCRIPTDIR=`dirname $0`
SCRIPTDIRWIN=`cygpath -m $SCRIPTDIR`
java -jar $SCRIPTDIRWIN/libs/validateXML-1.1-bin.jar -verbose -in $1

この場を借りて感謝します。ありがとうございました。