そんなことせんでも最初から cygpath.exe があるじゃなイカ!
Zinnia さんのコメントにより cygwin 環境にはパスの変換を行う cygpath.exe なるコマンドがあることを知りました。そりゃそうか…ということでこちらを使った版も掲載しておきます。
#!/bin/sh SCRIPTDIR=`dirname $0` SCRIPTDIRWIN=`cygpath -m $SCRIPTDIR` java -jar $SCRIPTDIRWIN/libs/validateXML-1.1-bin.jar -verbose -in $1
この場を借りて感謝します。ありがとうございました。